Pochodzi z Zagrzebia. Ukończyła Akademię Sztuki w Prisztinie z tytułem magistra w zakresie gry na flecie i wokalistyki. Ukończyła także studia licencjackie na kierunku zarządzanie na Uniwersytecie Staffordshire (Wielka Brytania).
Pierwszy występ publiczny miała w wieku sześciu lat w Lublanie. Uczestniczyła w wielu festiwalach międzynarodowych i zdobyła stypendia w Chorwacji i Rosji. Występowała w Słowenii, Włoszech, Wielkiej Brytanii, Holandii, Chorwacji, Niemczech, Hiszpanii, Szwajcarii, Albanii, Turcji, Czarnogórze, Omanie, Japonii i Stanach Zjednoczonych.
Jest zdobywczynią wielu nagród na międzynarodowych konkursach wokalnych, m.in. I nagrody i nagrody specjalnej Akademii Teatro alla Scala na Konkursie Operowym im. Leyli Gencer, I nagrody na Międzynarodowym Konkursie im. Magdy Olivero, nagrody dla najlepszego debiutanta na XXXVI Międzynarodowym Konkursie dla Młodych Śpiewaków Operowych Europe AsLiCo, nagrody specjalnej dla najlepszego śpiewaka poniżej 25 roku życia na Międzynarodowym Konkursie Operowym w Portofino.
Jej sylwetka została zamieszczona w książce II Soprano Rossiniano obok innych uznanych wykonawczyń muzyki Rossiniego. Artystka wzięła też udział w filmie dokumentalnym Dante in Musica zrealizowanym w celu promocji kultury i języka Włoch na zlecenie ministerstwa spraw zagranicznych tego kraju.
Marigona Qerkezi zadebiutowała na scenie operowej w młodym wieku, śpiewając partię Królowej Nocy w Czarodziejskim flecie Mozarta (AsLiCo Opera Domani) podczas występów gościnnych w Operze Królewskiej w Muskacie (Oman) oraz jako Hrabina Almaviva w Weselu Figara w Narodowym Teatrze Opery i Baletu w Tiranie. Szybko osiągnęła sukcesy zawodowe, wykonując partię Łucji z Lammermooru w Teatro Lirico w Cagliari oraz Teatro Petruzzelli w Bari, gdzie następnie powróciła jako Rosalinda w Zemście nietoperza. Ma na koncie występy jako Adina w Napoju miłosnym, Madama Cortese w Podróży do Reims w Opera Lombardia (gdzie wykonała także solo fletu), na Festiwalu Operowym Rossiniego oraz w Gran Teatre del Liceu w Barcelonie. Można ją było usłyszeć w partii Gildy w Rigoletcie w Teatro Lirico w Cagliari, Donny Anny w Don Giovannim w Nowym Teatrze Narodowym w Tokio, Matyldy w Wilhelmie Tellu, Leonory w Trubadurze w Opera Lombardia, Leonory w Trubadurze i Pierwszej Damy w Czarodziejskim flecie w Teatrze Narodowym w Zagrzebiu oraz Łucji z Lammermooru w Teatro Verdi w Pizie i Theater Kiel. W Opera Lombardia wystąpiła także w Mesjaszu Handla.
Artystka współpracowała z takimi dyrygentami jak Matteo Beltrami, Alessandro Bonato, Elio Boncompagni, Giuseppe Finzi, Carlo Goldstein, Michael Güttler, Nir Kabaretti, Jaques Lacombe, Stefano Montanari, Jacopo Brusa, Pier Giorgio Morandi, Antonio Pirolli, Modestas Pitrenas, Sebastiano Rolli, Giacomo Sagripanti, Srba Dinić, Michele Spotti, John Axelrod oraz reżyserami: Daniel Benoin, Arnaud Bernard, Gilberto Deflo, Davide Garattini, Denis Krief, Pier Francesco Maestrini, Mario Martone, Barbora Horakova, Emilio Sagi, Stefano Vizioli i Michał Znaniecki.
W ostatnim czasie wystąpiła w Ernanim (Elwira) i Messa da Requiem Verdiego w Teatro Lirico w Cagliari, Trubadurze na Festiwalu Verdiowskim w Parmie czy jako tytułowa Joanna d’Arc w operze Verdiego na Festiwalu w St. Gallen. Zdebiutowała w partii tytułowej w Annie Boleyn Donizettiego w Litewskim Narodowym Teatrze Opery i Baletu w Wilnie. Jako Elwira wystąpiła także w Eranim w Ópera de Oviedo, jako Lukrecja Contarini w Dwóch Foskariuszach w Teatro Carlo Felice w Genui, a jako Mimì w Cyganerii w Teatro Lirico w Cagliari.
fot. Shenoll Zehri