Absolwent Wydziału Reżyserii Państwowej Wyższej Szkoły Teatralnej w Warszawie.
W 1981 roku Janusz Wiśniewski przygotował scenografię i współtworzył inscenizację opery Zbigniewa Rudzińskiego Manekiny w reżyserii Marka Weissa-Grzesińskiego. Rok później spektakl miał premierę w Teatrze Wielkim w Warszawie. Przedstawienie otrzymało Nagrodę Międzynarodowego Festiwalu "Teatr Narodów" w Sofii w Bułgarii. Manekiny odniosły wielki sukces i zdobyły uznanie publiczności m.in. we Francji i w Niemczech.
W 1982 roku Janusz Wiśniewski przygotował swój pierwszy spektakl autorski w Teatrze Nowym w Poznaniu. Był to Panopticum à la Madame Tussaud. Wielkie umieranie, czyli czarna śmierć. Paris 1680. Przedstawienie było prezentowane wielokrotnie na największych scenach teatralnych w Europie i podczas najważniejszych festiwali teatralnych: w Hanowerze (Niemcy, Festival Theater der Welt), Grazu (Austria, Strerischer Herbst Festival) i Amsterdamie (Holandia, Holland Festival).
Rok później w Teatrze Nowym w Poznaniu miała miejsce prapremiera kolejnego spektaklu autorskiego Janusza Wiśniewskiego Koniec Europy. Dostał on Grand Prix, Nagrodę Krytyki i Nagrodę Publiczności na Międzynarodowym Festiwalu Teatralnym BiTEF w Belgradzie. Werdykt jury Festiwalu był pełen uznania dla reżysera i jego dzieła: „Janusz Wiśniewski, potwierdzając wielkie zasługi polskiego teatru dla historii teatru współczesnego, zaznaczył się na tegorocznym festiwalu jako nowa, mocna osobowość, która dzięki swojej niezwykłej wyobraźni wizualnej stworzyła bardzo sugestywną wizję współczesnej Apokalipsy. Na gruncie polskiej i europejskiej tradycji kulturalnej wydała na wskroś nowoczesne dzieło teatralne”.
Przedstawienie pokazywano w Holandii (m.in. na Holland Festival), Danii, Niemczech, Hiszpanii, Austrii i Wielkiej Brytanii. W tym samym roku Janusz Wiśniewski otrzymał Nagrodę im. Konrada Swinarskiego. W 1984 roku spektakle Panopticum à la Madame Tussaud i Koniec Europy odniosły ogromny sukces na Międzynarodowym Festiwalu "Teatr Narodów" w Nancy we Francji, gdzie otrzymały wszystkie najważniejsze nagrody, w tym Grand Prix festiwalu. W werdykcie jury swój wybór uzasadniało, określając przedstawienia jako „najwybitniejsze spektakle teatralne na świecie w roku 1984”.
W tym samym roku Januszowi Wiśniewskiemu przyznano Nagrodę Ministra Spraw Zagranicznych „za promowanie polskiej kultury za granicą”.
W 1985 roku spektakl Koniec Europy otrzymał Nagrodę Specjalną First Fringe na Międzynarodowym Festiwalu Teatralnym w Edynburgu i odbył tournèe po Wielkiej Brytanii. W 1986 roku przedstawienia Koniec Europy i Manekiny zostały uznane wydarzeniami Festiwalu Jerozolimskiego. W 1987 roku w Teatrze Nowym w Poznaniu odbyła się prapremiera autorskiego spektaklu Janusza Wiśniewskiego Modlitwa chorego przed nocą. Przedstawienie odbyło tournèe po Niemczech, Austrii i Holandii.
W 1988 roku utworzony został Zespół Teatralny Janusza Wiśniewskiego, działający w Centrum Sztuki Studio w Warszawie. Grupa przygotowała autorski spektakl Olśnienie, którego prapremiera odbyła się w 1989 roku w Teatrze Wielkim w Warszawie. Przedstawienie pokazywano m.in. na Touch Time Festival w Amsterdamie, Europeo Teatro Festival w Bolonii, Theaterlandschaft Polen w Mülheim, Toronto World Stage Harbourfront. W 1990 roku spektakl otrzymał I Nagrodę First Fringe na Międzynarodowym Festiwalu Teatralnym w Edynburgu. W 1989 roku w Staatstheater w Kassel miała miejsce prapremiera autorskiego spektaklu Janusza Wiśniewskiego Der Schwarze Zug (Czarny pociąg), który krytycy niemieccy uznali przedstawieniem roku.
W 1994 roku artysta przygotował dla Teatru Telewizji inscenizację Balladyny Juliusza Słowackiego. Spektakl uznany został za najlepszą produkcję roku Teatru TV.
W 1995 roku w Operze Wrocławskiej Janusz Wiśniewski zrealizował premierę Czarodziejskiego fletu Mozarta.
W 1996 roku w Düsseldorfer Schauspielhaus przygotował premierę Dybuka Szlomy An-skiego. Przedstawienie odbyło tournèe po Europie. Rok później w tym samym teatrze miała miejsce premiera Fausta Goethego. Spektakl grano w wielu krajach Europy i pokazywano na Międzynarodowym Festiwalu Teatralnym w Salonikach oraz Międzynarodowym Festiwalu Teatralnym w Stambule.
W 1999 roku w Teatrze Narodowym w Warszawie Janusz Wiśniewski zrealizował spektakl Wybrałem dziś zaduszne święto według Samuela Zborowskiego Juliusza Słowackiego. W 2001 roku w Teatrze Wielkim w Warszawie odbyła się premiera Siedmiu grzechów głównych Kurta Weilla / Bertolta Brechta. W 2003 roku w Teatrze Nowym w Poznaniu miała miejsca premiera Króla Ryszarda III Szekspira. Rok później spektakl zdobył Złotego Yoricka, główną nagrodę w Konkursie na Najlepszą Inscenizację Dzieł Dramatycznych Williama Szekspira na VIII Międzynarodowym Festiwalu Szekspirowskim w Gdańsku.
W 2004 w Teatrze Nowym w Poznaniu odbyła się prapremiera autorskiego spektaklu Janusza Wiśniewskiego Opera kozła. Spektakl pokazywano w Niemczech, Turcji i na XXIII Międzynarodowym Festiwalu Teatralnym De Teatro de Màlaga w Hiszpanii. Rok później w tym samym teatrze zrealizował premierę Fausta Goethego. Spektakl powstał w koprodukcji z Międzynarodowym Festiwalem Teatralnym Fringe w Edynburgu w 25. rocznicę powstania Assembly Room. Podczas Festiwalu spektakl otrzymał nagrodę Herald Angel „Za Doskonałość”. Przedstawienie zdobyło publiczność w Niemczech, Włoszech, Turcji, Izraelu oraz na międzynarodowych festiwalach teatralnych: Festival de Otoño w Madrycie i De Teatro de Màlaga w Hiszpanii.
Kolejnym spektaklem Janusza Wiśniewskiego w Teatrze Nowym w Poznaniu była Burza Szekspira (2008). Spektakl otrzymał Złotego Yoricka oraz Prywatną Nagrodę Pani Krystyny Wydżgi za Scenariusz, Reżyserię i Grę Zespołu Aktorskiego na XII Międzynarodowym Festiwalu Szekspirowskim w Gdańsku. Przedstawienie okrzyknięto wydarzeniem Tbilisi International Festival of Theatre w Gruzji. W tym samym roku, również w Poznaniu, odbyła się polska prapremiera autorskiego spektaklu Janusza Wiśniewskiego Arka Noego. Nowy Koniec Europy. Projekt został zrealizowany we współpracy z Arena del Sole, Nuova Scena – Teatro Stabile di Bologna z Włoch, The Cameri Theatre of Tel Aviv z Izraela, Hessisches Staatstheater Wiesbaden z Niemiec, Schauspielheus Graz z Austrii oraz International Theatre of Kosovo. W każdym z krajów partnerskich w latach 2009--2010 odbyły się kolejno premiery narodowe spektaklu.
W 2009 roku Polska Sekcja Międzynarodowego Stowarzyszenia Krytyków Teatralnych AICT/IACT przyznała Januszowi Wiśniewskiemu Nagrodę im. Tadeusza Żeleńskiego-Boya za jego autorskie spektakle w Teatrze Nowym w Poznaniu, a w szczególności za inscenizacje Fausta, Burzy i Arki Noego. Nowego Końca Europy. W 2010 roku w Teatrze Nowym w Poznaniu odbyła się prapremiera jego kolejnego autorskiego spektaklu, Lobotomobil, który Międzynarodowe Stowarzyszenie Krytyków Teatralnych określiło jako „najważniejszy spektakl ostatniej dekady w Polsce”.
W 2012 roku Janusz Wiśniewski zrealizował prapremierę spektaklu Jedermann (autorska wersja średniowiecznego moralitetu i sztuki Hugona von Hofmannsthala) w Hessisches Staatstheater Wiesbaden w Niemczech. W tym samym roku odbyła się prapremiera autorskiego spektaklu Apokalipsa według Szekspira (według Makbeta Szekspira) w Teatrze Marin Sorescu w Craiovej w Rumunii. W roku 2012 miała miejsce, w Teatrze Powszechnym w Radomiu, prapremiera autorskiego spektaklu Siedem lekcji dla zmarłych. Przedstawienie znalazło się na liście najlepszych spektakli opublikowanej w tygodniku „Przegląd”.
W roku 2013 w Teatrze Polskim w Warszawie odbyła się prapremiera Quo vadis słowami Sienkiewicza, Eliota, Audena i innych. Przedstawienie zajęło pierwsze miejsce w rankingu spektakli sezonu tygodnika „Przegląd”.
