Urodzona w Poznaniu. Edukację muzyczną rozpoczęła od nauki gry na flecie poprzecznym. Po ukończeniu szkoły muzycznej I stopnia, już jako uczennica średniej szkoły muzycznej, równolegle rozwijała umiejętności wokalne, wieńcząc oba kierunki dyplomem.
Jest absolwentką Akademii Muzycznej w Poznaniu w klasie śpiewu Krystyny Pakulskiej. Jej rola tytułowa w studenckim przedstawieniu Siostry Angelici G. Pucciniego przyniosła propozycję pracy w Teatrze Wielkim w Poznaniu. Zadebiutowała w 2001 roku partią Leonory w Trubadurze G. Verdiego. Rok później ten udany debiut zaowocował propozycją wykonania tytułowej roli Normy w operze V. Belliniego.
Magdalena Nowacka do dziś pozostaje solistką Teatru Wielkiego w Poznaniu, specjalizując się wyłącznie w pierwszoplanowych rolach repertuaru liryczno-dramatycznego. Posiada w swoim dorobku znaczącą większość partii verdiowskich przeznaczonych dla spintowego rodzaju głosu, wśród nich: Desdemonę (Otello), Elwirę (Ernani), Aidę, Alicję Ford (Falstaff), Elżbietę (Don Carlos), partię sopranową z Requiem, czy też obie Leonory (Trubadur i Moc przeznaczenia). Oprócz oper G. Verdiego artystka ma w repertuarze dzieła G. Belliniego, G. Pucciniego, G. Bizeta, R. Leoncavalla, L. van Beethovena, K.M. Webbera, P. Czajkowskiego, S. Moniuszki, F. Nowowiejskiego, J.S. Mayra, F. Poulenca, a także W.A. Mozarta.
Wzięła udział w licznych tournée poznańskiego Teatru Wielkiego w kraju i za granicą (Niemcy, Francja, Belgia, Luksemburg, Hiszpania, Włochy, Szwajcaria, Ukraina, Argentyna i Urugwaj).
W ramach indywidualnej współpracy występowała z zespołem Opery Wrocławskiej we wrocławskiej Hali Ludowej w megaprodukcji Trubadura G. Verdiego, w Operze Krakowskiej w operach P. Czajkowskiego: jako Liza w Damie pikowej, a także Tatiana w Eugeniuszu Onieginie. Wielokrotnie występowała w Operze i Filharmonii Podlaskiej, m.in. w Requiem G. Verdiego, w Staatstheater Cottbus (Trubadur) oraz w Buenos Aires w Teatrze La Plata (Eugeniusz Oniegin). Jest uczestniczką licznych festiwali m.in. Festivale Nazionale w Citta di Castello, Chanterelle Festival, Festiwal im. A. Didiura, Festiwal Moniuszkowski, Bydgoski Festiwal Operowy, Festival Internacional de Santander, Festival Villa Artis Musicae Willa Decjusza.
fot. Jarosław Gwoździk