Urodził się w Paryżu i uczył się w Szkole Baletowej Opery Paryskiej. Do zespołu baletowego Opery Paryskiej dołączył w 1980 roku. W 1986 ówczesny dyrektor zespołu Rudolf Nuriejew awansował go na stanowisko Danseur Étoile. Występował w wielu ważnych rolach repertuaru klasycznego i współczesnego, także w wykonaniach prapremierowych. Gościnnie występował z wieloma znanymi zespołami baletowymi na świecie, a także z własnym zespołem „Manuel Legris et ses Étoiles”. W maju 2009 roku pożegnał się ze sceną Opery Paryskiej i we wrześniu 2010 roku objął stanowisko dyrektora Wiener Staatsballett. Zrealizował tam swoje wersje choreograficzne baletów Korsarz i Sylwia.
Jego repertuar w Operze Paryskiej obejmował czołowe partie w baletach takich choreografów, jak: Frederick Ashton, George Balanchine, Patrice Bart, Maurice Béjart, Trisha Brown, August Bournonville, Vladimir Burmeister, John Cranko, Nacho Duato, Mats Ek, Mikhail Fokin, William Forsythe, Jiří Kylián, Pierre Lacotte, Harald Lander, Serge Lifar, Kenneth MacMillan, John Neumeier, Rudolf Nuriejew, Roland Petit, Angelin Preljocaj, Jerome Robbins, Twyla Tharp, Antony Tudor i Rudi van Dantzig.
Jest laureatem wielu nagród i wyróżnień, w tym: pierwszej nagrody konkursu baletowego w Osace (1984), Prix Nijinsky (1988), Prix Benois de la Danse (1998), Nijinski Award („Najlepszy tancerz świata, 2000”), Prix Positano (2001). Otrzymał także wiele francuskich odznaczeń państwowych: Chevalier des Arts et Lettres (1993), Officier des Arts et Lettres (1998), Chevalier de l’Ordre National du Mérite (2002), Chevalier de la Légion d’honneur (2006), Commandeur des Arts et Lettres (2009).
