Pierwsze lekcje śpiewu pobierał jako członek chóru katedralnego Regensburg Domspatzen. Następnie studiował na Uniwersytecie Muzyki i Teatru w Monachium.
Jest uznanym wykonawcą repertuaru koncertowego. W ostatnim czasie wystąpił gościnnie na Beethovenfest w Bonn, gdzie wykonał cykl An die ferne Geliebte Beethovena z Nagoya Philharmonic Orchestra, na Musik Podium Festival w Stuttgarcie z towarzyszeniem Mendelssohn’s Paulus, a także z Chorwerk Ruhr, Ensemble Pygmalion i Anima Eterna. Artysta zaśpiewał także serię koncertów w Palais des Beaux-Arts BOZAR w Brukseli w ramach rezydencji artystycznej. Występował z Bostońską Orkiestrą Symfoniczną (dyr. Bernard Haitink), Concentus Musicus (dyr. Nikolaus Harnoncourt), Filarmonica della Scala (dyr. Zubin Mehta), Leipzig Gewandhaus (dyr. Herbert Blomstedt, Riccardo Chailly, Sir John Eliot Gardiner), Narodową Orkiestrą Symfoniczną w Waszyngtonie (dyr. Ivan Fischer), OrkiestrąSymfoniczną Radia Północnoniemieckiego z Hanoweru (dyr. Thomas Hengelbrock, Markus Stenz), Orkiestrą Operową z Zurichu (dyr. Ádám Fischer) i Tonhalle Orchester Zürich (dyr. Sir Roger Norrington). Ostatnio pod batutą Ingo Metzmachera wykonał Łazarza Schuberta na festiwalu w Salzburgu oraz Drabinę Jakuba Schoenberga z Niemiecką Orkiestrą Symfoniczną w Filharmonii Berlińskiej, prapremierę oratorium ARCHE Jörga Widmanna podczas inaugracji spektakularnej Elbphilharmonie pod batutą Kenta Nagano (nagranie wydane w 2018 roku przez ECM).
Thomas E. Bauer z powodzeniem wykonuje także pieśni. Często współpracuje z pianistą Josem van Immerseelem. Regularnie występuje także z pianistą i kompozytorem Kitem Armstrongiem. czego efektem była m.in. seria koncertów, w programie których znalazły się utwory Bacha w opracowaniu Armstronga (m.in. w Konzerthaus Berlin i Bayerischer Rundfunk w Monachium).
Ostatnie występy operowe artysty – w Żołnierzach Zimmermanna (reż. Alvis Hermanis, dyr. Ingo Metzmacher) i Kawalerze srebrnej róży R. Straussa(reż. Harry Kupfer, dyr. Zubin Mehta) w mediolańskiej La Scali – zostały przyjęte z uznaniem. Thomas E. Bauer zaśpiewał w prapremierach kilku oper, jest także laureatem prestiżowej Nagrody Muzycznej im. H. Schneidera-Schotta. Blisko współpracował z Krzysztofem Pendereckim.
Artysta otrzymał wiele nagród za swoje nagrania. His latest award-winning releases include Jörg Widmann’s ARCHE (Nagano/Hamburg Philharmonic, on ECM, 2018) and Bach’s Christmas Oratorio (Otto/Mainz Bach Orchestra, on Naxos, 2018).
Thomas E. Bauer jest założycielem festiwalu Kulturwald, który odbywa się od 2014 roku w położonej w Lesie Bawarskim miejscowości Blaibach. Przedsięwzięcie przyciąga uwagę międzynarodowej publiczności wspaniałą architekturą i jakością koncertów.
