Urodził się w 1972 roku w Gdyni. W roku 1996 z wyróżnieniem ukończył studia w Akademii Muzycznej im. Fryderyka Chopina w Warszawie w klasie dyrygentury symfoniczno-operowej prof. Bogusława Madeya. W 2007 roku w Uniwersytecie Muzycznym Fryderyka Chopina w Warszawie uzyskał stopień doktora nauk muzycznych, a następnie w 2010 roku doktora habilitowanego. Od października 2012 rozpoczął pracę na stanowisku profesora Akademii Muzycznej im. Stanisława Moniuszki w Gdańsku, prowadząc klasę dyrygentury symfoniczno-operowej. Drugim torem jego zainteresowań i działalności artystycznej jest śpiew solowy, który ukończył w Akademii Muzycznej w Łodzi pod kierunkiem prof. Leonarda Andrzeja Mroza.
Od stycznia 1997 do kwietnia 2011 roku pełnił funkcję dyrektora naczelnego i artystycznego Filharmonii Białostockiej, a następnie, od 2005 roku, Opery i Filharmonii Podlaskiej.
Artysta prowadzi ożywioną działalność koncertową, współpracując z czołowymi teatrami operowymi i orkiestrami filharmonicznymi w kraju. Występuje także na wielu estradach świata: w USA, Wielkiej Brytanii, Korei, Meksyku, Maroku, Hiszpanii, Estonii, Finlandii, Rosji, Niemczech, Szwecji, Francji, Belgii, Portugalii na Litwie, Łotwie, Ukrainie i Białorusi. Jest dyrygentem gościnnym Teatru Wielkiego - Opery Narodowej w Warszawie.
Wraz z Orkiestrą Opery i Filharmonii Podlaskiej zrealizował liczne tournées zagraniczne. W sierpniu 2005 roku z pianistą Stanisławem Drzewieckim wystąpił w Parlamencie Europejskim w Brukseli na koncercie inaugurującym obchody 25. rocznicy powstania „Solidarności”. W czerwcu 2006 roku poprowadził wykonanie Jutrzni Krzysztofa Pendereckiego w Smolnym Soborze w Sankt Petersburgu z udziałem solistów
i chórów rosyjskich. W 2009 roku wystąpił w Berwald Halle w Sztokholmie i siedzibie Orkiestry Symfonicznej w Göteborgu. W grudniu 2009 roku Orkiestra Opery i Filharmonii Podlaskiej pod jego batutą zagrała koncerty w Wielkiej Brytanii, gdzie w ramach obchodów Roku Polskiego Polska! Year, wystąpiła w londyńskiej Cadogan Hall, a także w Royal College of Music. W czerwcu 2014 roku podczas uroczystego koncertu na Placu Zamkowym w Warszawie, podsumowującym obchody 25-lecia wolności, poprowadził wraz z orkiestrą Sinfonia Varsovia i Polskim Chórem Kameralnym prawykonanie Kantaty Wolność Włodzimierza Pawilka.
Artysta często włącza do swoich programów koncertowych utwory polskich kompozytorów, w tym dzieła twórców mniej znanych, tworzących na emigracji. Jego nagrania dzieł Aleksandra Tansmana i Zygmunta Stojowskiego spotkały się z bardzo dobrym przyjęciem w kraju (nominacje do nagrody Fryderyk) i za granicą (płyta z utworami Stojowskiego w lutym 2009 roku otrzymała prestiżową nagrodę Editor’s Choice Gramophone). W kwietniu 2012 roku otrzymał nagrodę Fryderyk za album z dziełami Ignacego Jana Paderewskiego zaś w kwietniu 2016 roku kolejną nagrodę Fryderyk za album z dziełem Pawła Łukaszewsiego Symphony of Providence. Marcin Nałęcz-Niesiołowski posiada bogaty dorobek fonograficzny. Dokonał też szeregu nagrań radiowych i telewizyjnych oraz nagrań muzyki filmowej m.in.: Jana A.P. Kaczmarka, Włodzimierza Pawlika, Zbigniewa Preisnera i Macieja Zielińskiego.
Artysta jest laureatem wielu nagród i wyróżnień - otrzymał m.in. nagrodę Ministra Kultury
„Ad Astra”ufundowaną dla młodych, utalentowanych twórców kultury (2001), Srebrny Krzyż Zasługi za wkład do rozwoju kultury narodowej i osiągnięcia w pracy zawodowej (2004) oraz Srebrny Medal „Zasłużony Kulturze Gloria Artis” (2006).
W listopadzie 2014 roku poprowadził premierowe przedstawienie baletu „Rok 1914”
w Teatrze Wielkim - Operze Narodowej, zaś w lutym 2015 roku, w Operze Wrocławskiej, premierę Eugeniusza Oniegina Piotra Czajkowskiego, gdzie od września 2016 roku pełni funkcję dyrektora naczelnego i artystycznego.
fot. archiwum artysty